Үндэсний допингийн эсрэг байгууллага нь Монгол Улсад допингийн эсрэг үйл ажиллагааг хэрэгжүүлэх, спорт дахь допингтой тэмцэх үүрэг гүйцэтгэх зорилгоор байгуулагдсан. Дэлхийн допингийн эсрэг дүрмийн 20.5.1-д заасны дагуу Үндэсний допингийн эсрэг байгууллага нь эрх мэдэл, хариуцлагатай үйл ажиллагааны шийдвэр, үйл ажиллагаандаа спорт, засгийн газраас хараат бус байх зайлшгүй шаардлагатай байдаг.
Үндэсний допингийн эсрэг байгууллагын үйл ажиллагаа, шийдвэр гаргалтанд Олон улсын холбоо, Спортын Үндэсний холбоо, Наадам зохион байгуулагч байгууллага, Үндэсний Олимпийн Хороо, Үндэсний Паралимпийн хороо болон спорттой холбоотой төрийн захиргааны ажилтнууд оролцохыг хориглоно.